آتوود در شهر اتاوا در ایالت اونتاریوی کانادا دیده به جهان گشود. او دومین فرزند از سه فرزند خانواده‌اش بود.[۴] پدرش کارل ادموند آتوود حشره‌شناس[۵][۶] و مادرش مارگارت دوروتی کیلام اهل وودویل نوا اسکاشیا، در گذشته متخصص تغذیه بود.[۷] به سبب تحقیقات پدرش بر روی حشرات جنگلی، او بیشتر کودکی خود را در جنگل‌های دورافتاده کِبِک شمالی و در سفر بین اتاوا، سو سنت مری و تورنتو گذراند. این تجربه دوران کودکی، بعدها در آثارش در به‌کارگیری تعبیرها از دنیای جانوران و طبیعت نمود یافت.[۸]
مارگارت النور نوشتن نمایش‌نامه و سرودن شعر را در شش سالگی آغاز کرد. مارگارت جوان در شانزده سالگی علاقه به نویسندگی حرفه‌ای را در خود کشف کرد.[۹] او در سال ۱۹۵۷ تحصیلاتش را در کالج ویکتوریای دانشگاه تورنتو آغاز و اشعار و مقالاتش را در نشریه ادبی این کالج، Acta Victoriana، منتشر کرد. جی مکفرسون و نورثروپ فرای از جمله استادان او بودند. او در سال ۱۹۶۱ با مدرک لیسانس در رشته اصلی ادبیات انگلیسی و فلسفه و زبان فرانسوی به عنوان رشته‌های جنبی فارغ‌التحصیل شد.
آتوود در اواخر سال ۱۹۶۱، پس از کسب مدال ای.جی. پرات برای کتاب اشعارش «همزاد پرسفونه»، تحصیلات عالیه خود را در کالج رادکلیف هاروارد با استفاده از برنامه کمک‌هزینه «پرزیدنت وودرو ویلسون» پی گرفت. او در سال ۱۹۶۹ مدرک ارشد خود را از کالج رادکلیف دریافت کرد و به مدت دو سال مطالعات دکترای خود را در دانشگاه هاروارد ادامه داد؛ اما پایان‌نامه خود «رمانس متافیزیکی انگلیسی» را به سرانجام نرساند.